Na mocy decyzji Rady Ministrów z 21 lipca 1998 r. z dniem 1 sierpnia utworzona została Gorzowska Wyższa Szkoła Zawodowa w Gorzowie Wielkopolskim. Funkcję rektora powierzono prof. dr. hab. Zenonowi Głodkowi. Zgodnie z ustawą o wyższych szkołach zawodowych do podstawowych zadań nowej jednostki zaliczono kształcenie studentów w zakresie 6 specjalności zawodowych. W celu realizacji zadań edukacyjnych, w momencie powstania Uczelni, stworzono strukturę instytutową, powołując dwie tego typu jednostki: Instytut Administracji i Zarządzania oraz Instytut Nauczycielski, a także Kolegium Języków Obcych. Utworzono również ogólnouczelniane: Studium Języków Obcych, Studium Informatyki, Studium Wychowania Fizycznego. W kolejnych latach powstały następne dwa instytuty, z których ostatni powołano w 2009 r., gdy PWSZ zakupiła prywatną uczelnię – Wyższą Szkołę Informatyczną w Gorzowie Wielkopolskim, na bazie której utworzono Instytut Techniczny. W takiej strukturze instytutów PWSZ funkcjonowała do 2013 r., kiedy to Senat Uczelni pozytywnie zaopiniował ideę powołania podstawowych jednostek organizacyjnych, dzięki czemu, jako pierwsze, powołano wydziały: Ekonomiczny oraz Humanistyczny, a następnie Administracji i Bezpieczeństwa Narodowego oraz Techniczny. W 2000 r. rozpoczęło działalność wydawnictwo naukowe PWSZ. W ciągu kolejnych szesnastu lat nakładem oficyny ukazały się 233 tytuły o łącznym nakładzie ponad 40 tys. egzemplarzy.
